Potencjał ekonomiczny metropolii warunkuje m.in. dobra organizacja transportu publicznego, która pozwala mieszkańcom na łatwe przemieszczanie się do szkoły, pracy i miejsc spędzania wolnego czasu. Głównym organizatorem transportu publicznego w Metropolii Gdańskiej jest Metropolitalny Związek Komunikacyjny Zatoki Gdańskiej (www.mzkzg.org). Celem związku jest integracja obecnych systemów komunikacji autobusowej, tramwajowej, trolejbusowej i szybkiej kolei SKM (nadziemny odpowiednik metra).
Już od trzech lat związek promuje także transport wodny w okresie letnim, tj. tramwaj wodny kursujący pomiędzy portami w Gdańsku, Gdyni, Sopocie i na Helu. W celu dalszego usprawnienia komunikacji na Obszarze wprowadzono inteligentny system monitoringu i kontroli ruchu ulicznego. Dodatkowo, połączenie ścieżek rowerowych stanie się kolejną atrakcyjną alternatywą dla transportu samochodowego i publicznego.
W roku 2015 planowane jest uruchomienie Pomorskiej Kolei Metropolitalnej łącząca centrum Gdańska z Portem Lotniczem im. Lecha Wałęsy oraz centrum Gdyni.
